Trước năm 2016

Trước năm 2016, các cấp tổng cục của Quân Giải phóng Nhân dân Trung Quốc bao gồm: Bộ Tổng Tham mưu, Tổng cục Chính trị, Tổng cục Hậu cần và Tổng cục Trang bị. Tổng cục Chính trị duy trì một hệ thống các chính ủy, đảm bảo sự trung thành với đảng và chính quyền dân sự. Ủy ban Quân sự Trung ương thực hiện quyền lãnh đạo quân đội ở cả Hải, Lục, Không quân và Tên lửa Đạn đạo Chiến lược (Nhị pháo, 二炮) thông qua bốn quân chủng. Ngoại trừ quân chủng Tên lửa Đạn đạo Chiến lược thuộc sự lãnh đạo trực tiếp của Ủy ban Quân sự Trung ương; trong một quân khu, các đơn vị thuộc 3 quân chủng đầu phối hợp với nhau trong hiệp đồng tác chiến dưới sự chỉ huy thống nhất của quân khu đó. Các đơn vị Lục quân thuộc sự chỉ đạo của quân khu đó. Các đội Hải quân và Không quân thuộc sự lãnh đạo chung của quân khu và của quân chủng mình (ngành dọc).

Ở hệ thống quân khu, toàn quốc được chia thành 7 đại quân khu gồm Thẩm Dương, Bắc Kinh, Nam Kinh, Tế Nam, Thành Đô, Quảng Châu, Lan Châu. Đứng đầu mỗi quân khu gồm Tư lệnh và Chính ủy mang quân hàm từ Trung tướng đến Thượng tướng.

Sau năm 2016

Từ ngày 11 tháng 1 năm 2016, tổ chức lãnh đạo của Quân đội Giải phóng Nhân dân Trung Quốc được cải tổ lại. Đối với Quân ủy Trung ương, vẫn giữ cơ cấu như hiện nay (gồm: Chủ tịch, 2 Phó Chủ tịch và 8 ủy viên). Chủ tịch Quân ủy Trung ương có quyền chỉ huy tối cao và tuyệt đối, thông qua Bộ Tham mưu Liên hợp - cơ quan chỉ huy tác chiến của 5 chiến khu, 5 quân chủng thực hiện nhiệm vụ tác chiến liên hợp và xây dựng lực lượng. Tuy nhiên, thay đổi lớn nhất trong Quân ủy Trung ương là 4 cơ quan trực thuộc trước đây, gồm: Bộ Tổng Tham mưu, Tổng cục Chính trị, Tổng cục Hậu cần và Tổng cục Trang bị được cơ cấu lại thành 15 đơn vị trực thuộc Quân ủy trung ương, bao gồm 7 cục/văn phòng, 3 ủy ban, 5 cơ quan trực thuộcː[15][16][17][18]

Khối Cơ quan trực thuộc Quân ủy

1. Văn phòng Quân ủy Trung ương
2. Bộ Tham mưu liên hợp
3. Bộ Công tác Chính trị
4. Bộ Bảo đảm Hậu cần
5. Bộ Phát triển Trang bị
6. Bộ Quản lý Huấn luyện
7. Bộ Động viên Quốc phòng
8. Ủy ban Kiểm tra kỷ luật
9. Ủy ban Chính trị và Pháp luật
10. Ủy ban Khoa học kỹ thuật và công nghệ
11. Văn phòng Quy hoạch chiến lược
12. Văn phòng Cải cách và Biên chế
13. Văn phòng Hợp tác Quân sự Quốc tế
14. Sở Kiểm toán
15. Tổng cục Quản lý các cơ quan Quân ủy

Khối Quân chủng

• Quân chủng Lục quân[15]
• Quân chủng Hải quân[15]
• Quân chủng Không quân[15]
• Lực lượng Tên lửa Chiến lược[15]
• Lực lượng Chi viện Chiến lược[15]
• Lực lượng Hậu cần Chiến lược
• Lực lượng Cảnh sát Vũ trang

Khối Chiến khu

• Chiến khu Đông bộ địa bàn gồm 6 tỉnh thành và đặc khu, gồm Giang Tô, Chiết Giang, Thượng Hải, Phúc Kiến, An Huy và Giang Tây. Bộ tư lệnh đặt tại Nam Kinh.[15][20][21]
• Chiến khu Nam bộ địa bàn gồm 8 tỉnh thành và đặc khu, gồm Quảng Đông, Quảng Tây, Hồ Nam, Hải Nam, Vân Nam, Quý Châu, Hương Cảng và Áo Môn. Bộ tư lệnh đặt tại Quảng Châu.[15][20][21]
• Chiến khu Tây bộ địa bàn gồm 7 tỉnh thành và đặc khu, gồm Tứ Xuyên, Tây Tạng, Cam Túc, Ninh Hạ, Thanh Hải, Tân Cương và Trùng Khánh. Bộ tư lệnh đặt tại Thành Đô.[15][20][21]
• Chiến khu Bắc bộ địa bàn gồm 5 tỉnh thành và đặc khu, gồm Hắc Long Giang, Cát Lâm, Liêu Ninh, Nội Mông và Sơn Đông. Bộ tư lệnh đặt tại Thẩm Dương.[15][20][21]
• Chiến khu Trung ương địa bàn gồm 7 tỉnh thành và đặc khu, gồm Bắc Kinh, Thiên Tân, Hà Bắc, Sơn Tây, Hà Nam, Thiểm Tây và Hồ Bắc. Bộ tư lệnh đặt tại Bắc Kinh.[15][20][21]

Khối Đại học và Viện Hàn lâm

• Đại học Quốc phòng Trung Quốc
• Viện Hàn lâm Khoa học Quân sự Trung Quốc
• Trường Đại học Công nghệ Quốc phòng Trung Quốc[22]